בשנת 1985 נמצאה במרחק 70 מ' מחוף מעגן מיכאל מפרשית סוחר עתיקה בת כ 2400 שנה, בעומק של 3 מ' מתחת למים ולחול. חפירת הספינה וממצאיה נערכה עד שנת 1989, בראשות המכון ללימודי ים ע"ש ליאון רקנאטי. בסוף 2016 הושקה בנמל הקישון הרפליקה המדויקת של אותה ספינה עתיקה, מעגן מיכאל 2.

הספינה העתיקה ממעגן מיכאל נמצאה במקרה על ידי חברי הקיבוץ. חקר הספינה אפשר הצצה לחיי המסחר במזרח אגן הים התיכון במאה החמישית לפנה"ס. הספינה היתה יוצאת דופן עקב מצב השתמרות מצוין, של כשליש ממנה, שהתאפשר בשל קבורתה מתחת לחול הים בסביבה אנוקסית (ללא חמצן), עובדה שהאטה משמעותית את התפרקות חומרי הגלם מהם נבנתה. בסיוע ארכיאולוגים ימיים נחקרה שיטת הבניה המסורתית של כפיסים ומגרעות והוצאו ממצאים רבים כמו כלי חרס, חבלים, עוגן, בסיס התורן, קופסאות עץ ופריטי מתכת. עקב מצב השימור הטוב וחשיבות הממצא הוחלט בסיום החפירה להוציא את הספינה בשלמותה ולשמרה במוזיאון, לדורות הבאים. לצורך כך הספינה פורקה לחלקים בעבודה תת-ימית, הוצאה מהמים וחלקיה הוכנסו לתהליך שימור שנערך כשבע שנים. במהלך השימור הושרו חלקי העץ בתמיסה פולימרית (PEG) בטמפרטורה של 60 מעלות צלסיוס, שהחליפה בתהליך איטי את המים שנספגו בתאי העץ כדי למנוע את התפוררותו לאחר שיתייבש. לאחר השימור הורכבה הספינה מחדש והוצבה באולם מיוחד במוזיאון הכט באוניברסיטת חיפה בשנת 1999.

בשנת 2014 החל פרויקט לבניית דגם זהה של הספינה לצורך קידום המחקר של שיטות הבניה העתיקות והעמקת הידע הקיים על הספנות בעת העתיקה. את המחקר הובילו פרופ' יעקב כהנוב ז"ל וד"ר דבי צויקל, מטעם החוג לציוויליזציות ימיות במכון ללימודי ים באוניברסיטת חיפה, ובשיתוף אבנר הילמן מרשות העתיקות ובית הספר לקציני ים בעכו, בו התבצע הפרויקט. בניית רפליקה היא אחד הכלים להרחבת הידיעה על ספנות בעת העתיקה ולהבנת שיטות הבנייה של כלי שיט קדומים. זו הדרך הטובה ביותר לרדת לעומקם של הפרטים הנעלמים בתהליך בנייתה של הספינה המקורית. העץ של הדגם החדש הורכב מאותם סוגים שמהם נבנתה הספינה העתיקה, הגוף רובו מאורן קפריסאי, החיבורים מאלון והתורן מברוש. את העבודה ביצעו מומחים בשיטות בניה מסורתיות, מהארץ ומהעולם. שימוש בכלי עבודה ובחומרי גלם זהים למקור, עד כמה שניתן, היה עיקרון חשוב בפרויקט, בין השאר מסמרים מנחושת שיוצרו בעבודת יד, חבלים מסורתיים, והגאים עשויים קורות עץ. רק אמצעים המחויבים על ידי משרד התחבורה לטובת רישיון השיט, כמו פנסי הניווט או גלגלי ההצלה, הוכנסו לכלי המשוחזר. לקראת סיום העבודה הרווח בין הלוחות נאטם בסיבי חבלים והגוף קיבל ציפוי של שרף אורנים. עם סיום הבנייה, שסייע לפתור חלק מהחידות הנוגעות לאופן בניית הספינה ופעולות נגריה, הספינה הוכנסה למים בנחל הקישון במתחם סגור. השהייה של הספינה במים עזרה לחזק אותה, ואפשרה עמידות של העץ והאטימה במים.
בחקר הספינה המקורית השתתפו חוקרים וסטודנטים רבים, ובעקבותיה פורסמו שלושה ספרים ועשרות מאמרים. הרפליקה משמשת כבר היום כר פורה לחוקרים אשר מפיקים ממנה ידע רב מדי יום לגבי שלב הבניה, שלב השיט, התחזוקה השוטפת ועבודת הצוות. את פירות המחקר בהווה נראה מן הסתם בשנים הבאות.
ב 28 בדצמבר 2016 הספינה הושקה בטקס רב משתתפים בנמל הקישון. רצה הגורל ופרופ' יעקב כהנוב, שהוביל את הפרויקט, נפטר יום לפני ההשקה. הספינה המשוחזרת יצאה מאז ועד היום ל 12 הפלגות במפרץ חיפה, בהובלת הקברניט יוחאי פלצור. על סיפונה עולים חוקרים וסטודנטים שעוסקים בין השאר בלימוד ארכיאולוגיה ימית, ההיסטוריה של הספנות וההיסטוריה של הים התיכון, ועורכים ניסויים מדעיים כדי ללמוד על כושר השיט ועל אפשרויות ההפלגה של כלי שיט עתיקים דומים. האתגר הבא הוא הפלגה עצמאית לנמלים במדינות אחרות ברחבי הים התיכון.